请问已经进入战斗阶段并且直接攻击过后，主要阶段二还能发动sp小夜的一效果这是bug嘛？

不是，小夜的1效果是效果发动后自肃，他的自肃是写在效果文本里的，在发动的时候不会管你是否已经攻击过了，只要求你发动后不允许直接攻击。
你所理解的自肃是全回合自肃，这类自肃是写在效果外文本里的，类似烙印融合的自肃，疾行机人软木塞的自肃。